Organización de las tropas

Sistema decimal

Gengis Kan organizó a sus soldados en grupos basados en un sistema decimal: 10 (arban), 100 (jaghun), 1.000 (mingghan), 10.000 (tumen), y cada grupo tenía un líder (Noyan). La unión de 2 a 5 tumen daba lugar a una hordu, o ejército, palabra de la cual se deriva el término horda. Cada hordu estaba bajo el mando del kan o de sus generales (Boyan).
Los líderes en cada nivel de la cadena de mando podían hasta cierto punto ejecutar sus órdenes del modo que les parecía más adecuado. Esta estructura de mando probó ser bastante flexible y efectiva, al permitir al ejército mongol atacar en masa, dividirse en pequeños grupos para rodear a sus enemigos o llevarlos a una emboscada, o dividirse en grupos pequeños de diez hombres para acabar con un ejército derrotado y en retirada.

División Social en el ejercito

Cuando integraba soldados nuevos dentro de su ejército, Gengis Kan los dividía y los ponía a cargo de distintos líderes para acabar con las conexiones sociales o tribales, para así evitar cualquier enemistad inspirada en su etnia o alianzas tribales. En todas sus campañas, los soldados viajaban junto con sus familias. La disciplina se mantenía con severidad, y hasta las menores infracciones eran fuertemente castigadas; cada líder de unidad era responsable de la preparación y entrenamiento de sus soldados, y era reemplazado si se consideraba que no cumplía con su trabajo. Los ascensos en el ejército se basaban únicamente en el mérito de cada persona (con la excepción de los parientes de Gengis Kan, a quienes se les otorgaba los más altos puestos de comando).

Tamaño de sus ejércitos

Es consenso de la mayoría de los historiadores es que en todas o casi todas las batallas y campañas que emprendieron los mongoles estuvieron en constante inferioridad numérica. El tamaño de los ejércitos tendía a ser exagerado por las fuentes de la época, por lo que no son del todo confiables lo que ha provocado un intenso debate, para estimar el número de efectivos hay que hacer cálculos basados en datos de diverso origen. Aunque el historiador John Massson Smith apoyaba las cifras alcistas, declarando que los éxitos mongoles eran producto de sus superiores habilidades bélicas y altos números pero su tesis ha sido muy atacada, en especial por su colega David Morgan defensor de cálculos bajistas.
Respecto de las primeras campañas contra la Dinastía Jin que gobernaba los actuales norte de China y Manchuria las fuentes usualmente mencionan un ejército de alrededor de 110.000 mongoles contra 300.000 chinos (incluyendo no combatientes). Algunos elevan el número de soldados chinos en 150.000 jinetes y 300.000 a 400.000 infantes.
Sin embargo, otras estimaciones informan que el total de las fuerzas mongolas era de alrededor de 100.000 guerreros. El tamaño de las tropas chinas también debe reducirse, 90.000 soldados de los que sólo 30.000 a 50.000 podían ir al frente a la vez pero como en su mayoría eran infantes dependían mucho del aporte de los vasallos manchúes nómadas (20.000 jinetes).
En 1219 la mayoría de las tropas mongolas pasaron del frente chino a la campaña de Corasmia, estimándose en 75.000 los que partieron en la nueva campaña y unos 20.000 quedaron continuando la lucha contra los Jin.
Sobre el caso del inicio de la invasión de Corasmia en 1220 las fuerza mongola era estimada por las fuentes musulmanas de aquellos tiempos en 800.000 unidades y las tropas musulmanas que los enfrentaron en exactamente la mitad. Sin embargo, historiadores modernos las rechazan y reducen las cifras a una décima parte, unos 60.000 a 70.000 mongoles contra 40.000 corasmios.